Die Ninja-Akademie (忍者アカデミー, "Ninja Akademī") ist, wie der Name schon sagt, eine Schule, in der jüngere Menschen, die es sich zum Ziel gesetzt haben, Ninja zu werden, in deren Grundlagen unterrichtet werden. Es werden Nin-, Tai- und Genjutsu gelehrt, die man in praktischen und theorethischen Prüfungen anwenden muss, um zu bestehen. Die an der Akademie unterrichteten Jutsu sind ausschließlich E-Rang Jutsu.
Viele Akademieschüler lernen aber von ihren Eltern, Geschwistern oder Privatlehrern noch weitere Jutsu, an der Akademie durchgenommene Jutsu oder bringen sie sich selbst bei.
Normalerweise ist es einem möglich, ab schätzungsweise neun Jahren aufgenommen zu werden. Einige besonders talentierte Kinder werden auch früher aufgenommen oder schließen die Akademie eher ab, als andere. Um letztendlich ein richtiger Ninja werden zu können, mussten die Akademieschüler in bisher jedem Fall, verschiedene Prüfungen bestehen.
Die Lehrer an der Akademie sind meist Chūnin mit besonderen Fähigkeiten. Die Abschlussprüfungen werden ebenfalls von Lehrern geleitet, wobei sie entscheiden, ob der Kandidat die Prüfung schlussendlich besteht oder nicht. Ferner steht es dem Lehrer scheinbar frei, wo und wann er dem Schüler die Bestätigung gibt, dass er die Ninja-Akademie abgeschlossen hat